Το Σπήλι βρίσκεται 30χλμ νότια του Ρεθύμνου, σε υψόμετρο 430μm, και είναι κτισμένο στους πρόποδες του όρους Βορίζη. Το χωριό αποτελεί συγκοινωνιακό κόμβο για τη νότια Κρήτη και αποτελεί την πρωτεύουσα της επαρχίας Αγίου Βασιλείου.